石室禅院，原名石室院，位于海沧区新阳街道霞阳村南边的玳瑁山山麓，即海沧隧道东侧洞口旁。大殿内祀释迦牟尼，为药师佛道场。石室禅院是闽南千年古刹之一，被列为区级文物保护单位。这里不仅自身人文资源丰厚，其后山的游宅城古寨遗址、三魁岭古道、山间叠石、玳瑁天湖、历代碑林等，更是众星捧月般环聚，形成群落效应。随着石室禅院恢复往日的辉煌，它为海沧区增添一处探幽的名胜和旅游景点。
据《漳州府志》、《龙溪县志》、《海澄县志》等记载，石室禅院始建于唐垂拱二年（年），原为出家人修行的石室。后唐同光三年（年），创建为寺院。宋英宗治平二年（年），曾修建或添建。元代元统甲戌（年），由晦庵和尚主持重建，建梵宫、僧房，塑佛像，宛然名刹，奠定了石室禅院之规模。明天顺八年（年）一度修葺，成化年间（-年）寺废。隆庆三至五年（—年），由云轩和尚主持重修，建法堂、山门和廊庑，周围筑墙，规模最大，志书记载“殿宇三重，僧舍六十四间”，焕然一新。清代是石室禅院的鼎盛时期，曾由朝廷下旨，嘉奖该寺院药师佛显灵灭除瘟疫的事迹。
石室禅院在年扩建以前，仅存大殿一幢，建于道光年间，经光绪时重修，遗留至今。大殿坐南朝北，燕尾脊硬山布瓦顶，砖石墙体，抬梁结构，面阔5间，计11.5米，进深三间计12米。殿门内收，两边门楣一书“兰若”一书“菩提”；两厢门楣则分题“水流花径”、“关松度云”。大殿两边的雕刻与绘画完全不同，一反中国古代建筑的同形平衡——对称，打破单调、沉闷气氛，在寺庙建筑中十分罕见。东边走廊斗拱雕饰飞天仙女，西边则雕刻印度大象，张口露牙，十分夸张。东边廊板浮雕夔龙，西边则雕镌花草。梁上彩画，东边为道教典故，西边则为佛教故事。大殿主梁，东边彩绘镶金，西边则全用金色描画。殿前有铺石庭院，面阔口5米，进深21.8米。总占地面积约平方米。
在大殿门口，保存着历朝历代重修碑记三方。一为明天顺八年（年）《石室禅院碑记》，一为清光绪二十八年（年）《重修石室院碑记》，一为民国十年（年）再次重修所立。另有石槽、石臼各一只，据传为明代抗倭名将戚继光马寨之遗物。这些可资证史、补史并具有书法碑刻艺术价值的文化遗存，从不同侧面展示、见证了石室禅院的历史沧桑，是极为珍贵的历史文物。
殿前两株白玉兰花，已有年树龄，为厦门市同类树种之罕见高龄。参天凌云，羽盖成阴，绿意婆娑，更加增添禅院的清香与幽静。
寺后山上的“游城古寨”“尖山古寨”，为明代戚继光抗倭遗迹。禅院东侧，为各朝僧尼之墓穴，以清代居多。院内存有多方古墓碑，保存尚好。另有明高僧正旭之母寿域，规模庞大，其中有三座明朝本寺住持父母亲的古墓在寺院附近，在中国寺院中比较少见。年，海沧投资区批拨土地2平方米用于禅院重新扩大修建。
石室禅院从年开始重修，修复后的石室禅院占地面积达六万平方米，建筑面积为1.5万平方米。整座寺庙沿山势自然上升，层次分明，错落有致。在坐南朝北的中轴线上，分布有目前全国最长的米照壁、放生池、护法殿、大雄宝殿、药师密坛、十二生肖寿字壁、祈福钟殿等，主体突出，巍然壮观。东侧次第为伽蓝殿、鼓楼、僧舍、地藏殿、观音阁、琉璃宝塔、药师佛塔、藏经阁等建筑。西侧次第为内外山门、五百罗汉群、福寿楼、福慧楼、客堂、抄经堂、五观堂、弘法讲堂、祖师殿、钟楼等建筑。
其中万福万寿和平钟”，系一位蔡姓居士斥资万元捐赠的，它是世界上现存独一无二的万福万寿钟，其重量排在全国第四位。因钟壁上雕刻着一万个“福”字和一万个“寿”字而得名，寄托着“祈求海峡两岸和平、厦门人民福寿安康”的美好心愿，那1万个“福”字和1万个“寿”字的版权费就高达万元。钟的最大口径为厘米，髙5米；其钟槌直径0.4米、长4米。大铜钟总重24吨，代表了一年24个节气；高5米，代表五谷丰登；口径厘米，代表一年天；钟顶的龙叫蒲劳，是龙王9个儿子中的一个。该钟是名副其实的巨钟，其钟声之洪亮，可以覆盖方圆十公里。因钟体大，一次需要10人合力才能敲响。
大雄宝殿照壁全长米，九龙壁位于大雄宝殿照壁的中间，长30.6米，宽10.5米，选用青石、汉白玉、山西黑、印度红、黄锈石等石料精心雕刻，九龙摆尾腾空，活灵活现。正中是一条最大的黄龙，正对着大雄宝殿，昂首向前，目光炯炯。其口中喷水，正好落在悉达多太子身上。
上世纪八十年代后期，宗教信仰自由政策得到全面落实，这座千年古刹也重现辉煌。年，现任住持忠明法师应市佛协委托、当地居士邀请，来寺住持弘扬药师法门，忠明法师本科毕业于闽南佛学院，驻寺后乃发起重兴石室禅院药师佛古道场之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流，并在0年初创立厦门市石室禅院慈善功德会。功德会以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，以“感恩、净心、惜福”为理念，联合了一大批学佛青年及热心人士参与慈善活动，举行了诸如助学、济贫、环保、助医、义卖、文化讲座、老幼关怀等各种慈善活动与有益于人心净化的活动。
药师佛道场石室禅院在药师佛慈悲加持和市区两级领导以及善信檀越的大力支持下，将成为集弘法、学修、慈善、旅游为一体的综合性寺院。
